COPAN植绒拭子对采集血斑、唾液、DNA样本能有效提高法医工作效率 / 弘德商城_公共安全产品网
结论
本研究结果表明MicroFLOQ拭子对于困扰法医DNA案件工作的低拷贝以及降解样本有意义。传统方法中的提取步骤可能会导致样品污染和DNA损失。而直扩方法没有样品损失问题。因此可以获得更多完整以及信号更高的图谱。而且直扩方法只需要使用一小部分样品,可以保留珍贵的样品用于再次分析以及后续检验。
引言
尼龙植绒拭子,例如4N6FLOQSwabs,可以最大化提高DNA样本的采集和释放效率。与传统的纤维棉签不同,植绒拭子以垂直的方式粘附在塑料杆的前端。因此,植绒拭子没有吸水芯,不会锁住样本,样本吸附在拭子头的表面,这样可以促进样本的释放和洗脱。研究已经证明DNA回收效率,植绒拭子优于传统的棉签。
MicroFLOQ植绒拭子是新型的4N6FLOQSwabs,尼龙纤维排布方式与4N6FLOQSwabs相同,但使用裂解试剂处理,可以直接进行直扩。而且,因为MicroFLOQ拭子的头很小,仅需采集很少量的样本。而传统的棉签采集方法,需要繁琐的DNA纯化过程,而且可能会导致DNA损失,进而影响低拷贝样本的成功率。
本文研究采用MicroFLOQ植绒拭子直扩血斑、唾液和接触DNA的效能。与传统方法相比,使用MicroFLOQ植绒拭子能否提高或改善法医案件工作效率。
材料与方法
血和唾液样本
使用EDTA抗凝管采集人血,保存于4℃。用生理盐水将血稀释成10%,5%,1%。使用无菌管采集人唾液,并用去离子水稀释成10%,5%,1%。每个血稀释样本、纯唾液以及稀释唾液样本取10ul,滴到玻璃载玻片上,过夜干燥。
接触DNA样本
从各种不同的表面提取接触DNA,包括:4个键盘、3个门把手、2个鼠标、2个手机、1个项链。
擦拭血斑、唾液斑和接触DNA
按照“MicroFLOQ拭子潮湿或干燥样本采集方法”采集血斑、唾液斑和接触DNA。每个样本只采集少量样本。对照实验使用4N6FLOQSwabs采集尽可能多的样本。
DNA提取
4N6FLOQSwabs采集的样本使用COPAN的NAO提篮和凯杰QIAamp DNA Investigator Kit试剂盒提取DNA。
DNA定量
提取的DNA使用Quantifiler Human DNA Quantification试剂盒,ABI7500荧光定量PCR仪定量。
MicroFLOQ直扩拭子PCR扩增
将MicroFLOQ拭子头折断到PCR管,使用GlobalFiler Express试剂盒扩增。使用9700PCR仪,扩增28个循环。
4N6FLOQSwabs提取DNA扩增
使用GlobalFiler试剂盒扩增常染色体STR,Y-STRs和一个Y-indel。加入1ng DNA,样品量不足1ng,加入最大推荐量样本(15ul)。使用9700PCR仪,扩增29个循环。
结果与讨论
干燥MicroFLOQ拭子对比湿润的拭子
血斑和唾液斑同时采用干燥和湿润的拭子采集。可能因为干燥拭子对样本回收效率低,只得到的少量的结果。使用湿润的拭子采集的样本信号明显改善。后续的实验均采用湿润的拭子采集样本。
化学处理的MicroFLOQ拭子抑制性评估
在有MicroFLOQ拭子的条件下扩增阳性对照DNA(007),所有的阳性对照都如预期一样得到了完整的STR图谱,表明化学处理的MicroFLOQ拭子并没有影响或抑制DNA扩增。
人血样本直扩
使用MicroFLOQ拭子采集的30个10%稀释的血液样本,采集后立即进行扩增,结果只有7个得到了完整的STR图谱。最主要的原因是血液中存在抑制剂血红素。5%稀释的样本有28个得到了完整的STR图谱,而且图谱平衡度要好于10%稀释的样本。1%稀释的样本有29个得到完整图谱,但信号要低于5%稀释样本。
直扩血斑样本与传统方法(手工提取法)比较5% 和1%稀释的样本所有位点的信号都比传统的方法使用1ng DNA扩增的信号要高。
图1:30个MicroFLOQ采集的5%稀释的血斑与4N6FLOQSwabs提取的1ng DNA平均信号
图2:30个MicroFLOQ采集的1%稀释的血斑与4N6FLOQSwabs提取的1ng DNA平均信号直扩唾液斑样本DNA
15个纯唾液样本,有14个得到了完整的STR图谱。所有10%稀释的唾液样本都得到了完整的图谱,并且信号强度要高于纯唾液样本。5%和1%稀释的样本也得到了完整的图谱,5%稀释样本信号要高于1%稀释样本。
直扩唾液样本与传统方法比较
30个5%和1%稀释的样本与传统方法比较,所有样本,所有位点信号都高于传统方法。
图3:30个MicroFLOQ采集的5%稀释的唾液与4N6FLOQSwabs提取的1ng DNA平均信号
图4:30个MicroFLOQ采集的1%稀释的唾液与4N6FLOQSwabs提取的1ng DNA平均信号
直扩接触DNA
4个键盘中有3个得到了不完整的、单一图谱,另外一个得到了完整的单一图谱。2个鼠标样本,其中一个得到完整单一图谱,另一个得到完整的混合图谱。3个门把手中有2个得到了不完整的单一图谱,另外一个得到3人混合的图谱。2部手机中,其中一部收集擦拭手握位置,得到完整图谱;另一部收集擦拭手握位置、拾音位置,听筒位置,结果只有手握位置得到完整图谱。项链样本得到了2个人的混合图谱。
结论
本研究结果表明MicroFLOQ拭子对于困扰法医DNA案件工作的低拷贝以及降解样本有意义。传统方法中的提取步骤可能会导致样品污染和DNA损失。而直扩方法没有样品损失问题。因此可以获得更多完整以及信号更高的图谱。而且直扩方法只需要使用一小部分样品,可以保留珍贵的样品用于再次分析以及后续检验。